奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。　　某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的出现意味着，有一场阴谋正在秘密展开。高町奈叶原本是一名普通的三年级学生，却偶然发现了魔法的力量。
距离‘普雷西亚·泰斯塔罗萨事件’已经过去了半年多，这一天充满了围绕着拥有魔法之力的异世界遗产‘宝石种子’的遭遇和战斗。
尤诺，让他邂逅魔法的朋友。支持这场战斗的时空管理局成员。Fate Testarossa，一个在战斗中互相碰触并结下不解之缘的女孩。
纳诺过着平静的生活，期待着与怀念的朋友们重逢，突然惊喜出现。
禁忌魔法书《黑暗之书》。
命运拉开帷幕，战斗的日子开始，许多思绪交织在一起。她们的对手是两位女魔法师高町奈叶和命运泰斯塔罗莎。掌握命运钥匙的人是坐在轮椅上的少女疾风八神。我是带着勇气接受的。她手中握着的是一根连接心灵的魔杖。